Если чтение XML-данных осуществляется с помощью одного или нескольких API, то вполне логично и сохранять XML-документ, используя те же API. К примеру, при работе с XML через JDOM API после получения ссылки на объект JDOM Document
запись можно осуществлять следующим образом:
outputter.setFormat(Format.getPrettyFormat());
outputter.output(myDocument, new FileWriter("outputFile.xml"));
Похожим образом можно записывать XML, используя новый API для загрузки и сохранения в спецификации DOM Level 3:
DOMWriter writer = new org.apache.xml.serialize.XMLSerializer();
writer.setNewLine("\r\n");
writer.setEncoding("UTF-8");
writer.writeNode(new FileOutputStream(new File("outputFile.xml")), myDocument);
Сперто тут http://www.ibm.com/developerworks/ru/library/x-xjavaforum5/index.html